1. Коллекция старопечатных, рукописных книг XIV - XVIII вв. Она насчитывает около 18 тысяч томов, в том числе более двух тысяч рукописных, старопечатных книг XV - начала  XX века. Особую научную и экспозиционную ценность имеют книги, напечатанные в тобольской типографии Корнильевых - владельцев первой типографии в Сибири.
   2. Коллекция средневекового древнеугорского литья (70 ед. хр.). Археологическая коллекция их раскопок могильника Усть - Балык хорошо документирована: полевые материалы, научные отчеты, описи, фотоматериалы. Она представлена погребальной посудой, украшениями из бронзы и серебра, железными орудиями труда и предметами вооружениями. Особенно интересны вещи, выполненные в зооморфном стиле - фигурки водоплавающих птиц, медведей, зайцев и пр.
   3. Коллекция художественной бересты раннего железного века (20 ед. хр.) содержит уникальные предметы из орнаментированной бересты раннего желеного века.  Среди них 15 единиц хранения представляет остатки берестяных сосудов. Коллекция хорошо документирована.
   4. Коллекция скелетов ископаемых животных (мамонт, бизон, носорог 3 ед. хр.). Скелет мамонта ( Maammuthus primigenius Blumenbach, 1799) найден в обвале р. Туры, у д. Решетниково в окрестностях г. Тюмени, в 1885 г. Размеры: высота в холке (при правильной сборке) 330 см, длина плечевой кости - 103, 5 см. Особенность скелета: все крупные кости принадлежат одной особи. Скелет ископаемого бизона  (Bison priscus Bojanus, 1827) найден на берегу  р. Туры, у д. Салаирка в окрестностях г. тюмени, в 1891 г. Размеры: длина плечевой кости - 42 см, расстояние между прикорневыми розетками рогов - 35 см. Особенность скелета: все крупные кости принадлежат одной особи.
   5. Скелет шерстистого носорога (Coelodonta antigitalis Blumenbanch, 1799) найден на берегу р. Туры, у д. Салаирка в окрестностях г. Тюмени в 1894 г. Размеры: длина плечевой кости - 42, 5 см; черепа - 66 см. Особенность скелета: все крупные кости принадлежат одной особи.
   6. Коллекция останков широколобого лося )около 400 тыс. лет назад) 50 ед. хранения. Коллекция костей (до 50 ед. хр.)широколобого лося (Cervaltes latifrons Dawk). Состав коллекции: левый рог, передний отросток рога, атлант, половина нижней челюсти, затылочная часть черепа, десятки крупных костей конечностей и др). Принадлежат разныи особям.Возраст: около 400000 лет. Собраны во время работы палеонтологической экспедиции (научный руководитель П.А.Косинцев) в июле 1998 г. на местонахождении "Рахимовское - 1" (участок русла р. Вагай на юге Вагайского р-на Тюменской области).
   7. Этнографическая коллекция многопланова и разнообразна по содержанию. В настоящее время она насчитывает около шести тысяч предметов. Наиболее ранние из них относятся к середине XIX века - это женские салопы, традиционные русские сарафаны, домотканые опояски, образцы золотого шитья. Значительную часть собрания составляют предметы декоративно - прикладного искусства народов  Тюменской области: тканые полотенца, скатерти, кружева, ковры с традиционным "тюменскм" орнаментом. Все выполнено на высоком художественном уровне. Своеобразием отличаются предметы этнографической коллекции коренных народов Севера. Среди ценных экспонатов ряд предметов культа и одежды, относящиеся к концу XIX - началу   XX вв. Материалы более позднего периода скомплектованы по целому ряду территориальных групп коренных народов Севера (ханты, манси, лесные и тундровые ненцы). Большая коллекция по этнографии казанских и сибирских татар. Наиболее интересные предметы: одежда (середина XIX - начало XX вв.), головные золотошвейные уборы, серебряные ювелирные украшения, ткачество.
   8. Коллекция художественого металла. Ценнейшими памятниками материальной культуры, подлинными произведениями искусства являются медные изделия второй половины XVIII века. Уникальна коллекция поддужных колокольчиков. В фондах хранится более 100 самоваров, среди которых: дорожные ямщицкие самовары - кухни, самовары - амфоры. Железопросечный художественный промысел представлен дымниками и водосточными трубами.
   9. Коллекция минералов и горных   пород ( 1800 ед. хр.). В ней представлен широкий спектр минеральных богатств Западной Сибири. Украшением коллекции являются уникальные творения природы: "Халцедоновая роза", "Аметистовая жеода", боксит "Красная шапочка".