В 1996 году музею исполнилось сто лет.
   За это время музей прошел ряд этапов в своем развитии. Открытый 6 декабря 1896 года в посту Александровском, он стал одним из первых научных учреждений острова, изучавшим его природу и историю, собиравшим, обрабатывавшим систематизировавшим, пропагандировавшим и хранившим многочисленные, зачастую уникальные коллекции.
   Создателями музея, вскоре  ставшего хорошо известным не только на Дальнем Востоке, но и в Москве и Петербурге, благодаря богатству его экспозиций и фондов, была немногочисленная сахалинская интеллигенция и политические ссыльные и каторжные, среди которых особенно значительным был вклад будущих ученых Л.Я.Штернберга и Б.О.Пилсудского.
   Просуществовал музей, однако, недолго. В 1905 году, во время оккупации Сахалина японскими войсками, все экспонаты музея были вывезены в Японию. Восстановленный после Портсмутского мирного договора (по которому остров был поделен между Россией и Японией) музей снова прекратил свое существование во время оккупации японскими войсками Северного Сахалина в 1920 - 1925 гг.
   После восстановления Советской власти на Северном Сахалине начинается долгая и кропотливая работа по воссозданию музея, завершившаяся его открытием в 1932 году.
   Новым этапом в истории Сахалинского музея стал период после возвращения Советскому Союзу Южного Сахалина в 1945 году. Наряду с решением вопросов экономического развития региона, в новом центре Южно - Сахалинска создается ряд научно - просветительских учреждений, в том числе, и краеведческий музей. 11 мая 1946 года музей был открыт для посетителей. Он разместился в здании национализированного музея губернатора Карафуто (название южной части Сахалина в 1905 - 1945 гг.). В 1947 году, после образования единой Сахалинской области, он становится областным краеведческим музеем, куда в начале 50-х годов были переданы все коллекции и экспонаты Александровского музея.
   За прошедшие годы сотрудниками музея собраны богатые и ценные коллекции материалов по истории и природе области, многие из которых являются уникальными. Гордостью музея являются этнографические коллекции коренного населения острова: айонов, нивхов, ороков - собрания, отражающие деятельность Российско - Американской кампании по освоению Курильских островов, прекрасные экспонаты по животному и растительному миру.